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SPEZIFIKATIONENMiSeq Dx-Gerät Das erste FDA-konformeNGS-Gerät für dieIn-vitro-Diagnostikmit CE-IVD-Kennzeichnung Einfache Bedienung des Geräts dank intuitiver TouchscreenBenutzeroberfläche und einem automatisierten Workflow Erwiesenermaßen außerordentliche Datenqualität undZuverlässigkeit durch umfassende Systemverifizierung Breites Portfolio an Assays für die molekulare Diagnostik,speziell für klinische Laborumgebungen entwickelt Offene Plattform für die individuelle IVD-Assay- Entwicklung und Option zum Ausführen weiterer Assaysim ForschungsmodusFür die In-vitro-Diagnostik. Nicht in allen Regionen und Ländern verfügbar.M-NA-00005 DEU v2.0 1
MiSeqDx-GerätÜberblickDer Vorteil von NGSDas MiSeqDx-Gerät ist die erste von der Food and DrugAdministration (FDA) zugelassene Plattform für NGS(Next-Generation Sequencing, Sequenzierung der nächstenGeneration) mit CE-IVD-Kennzeichnung (ConformitéEuropéenne/In-vitro-Diagnostikum) (Abbildung 1).Das speziell für die klinische Laborumgebung entwickeltekompakte MiSeqDx-Gerät benötigt nur wenig Platz(0,3 Quadratmeter) und bietet einen benutzerfreundlichenWorkflow sowie eine auf die verschiedenen Anforderungenklinischer Labors abgestimmte Datenausgabe. Darüberhinaus bietet die im Gerät integrierte Software Optionen fürdie Laufkonfiguration, Probenverfolgung und Benutzerverwaltung sowie für Prüfpfade und die Ergebnisinterpretation.*Zusammen mit der bewährten SBS-Chemie (Sequencingby Synthesis, Sequenzierung durch Synthese) von Illuminaermöglicht das MiSeqDx-Gerät genaue und zuverlässigeScreenings und Diagnosetests.Im Vergleich zu der auf der Kapillarelektrophoresebasierenden Sanger-Sequenzierung kann mit der NGSin kürzerer Zeit und mit einem geringeren manuellenAufwand ein breiteres Spektrum an DNA-Varianten,einschließlich seltener Varianten und benachbarterphasierter Varianten, erkannt werden.1,2 Die Illumina SBSChemie nutzt die natürlichen Mechanismen zwischen allenvier markierten Nukleotiden, was die Integrationsfehlerreduziert und eine im Vergleich zu anderen Sequenzier systemen zuverlässigere Sequenzierung von repetitivenRegionen und Homopolymeren ermöglicht.3 UmfassendeErgebnisse liegen schnell vor, sodass zeitaufwändigeBestätigungstests entfallen.Einfacher, aus drei Schrittenbestehender WorkflowAuf dem MiSeqDx-Gerät ausgeführte Assays durchlaufeneinen einfachen dreistufigen Prozess (Abbildung 2). Dieserbeginnt mit genomischer DNA (gDNA), die aus humanenperipheren Vollblutproben oder aus formalinfixiertem,in Paraffin eingebettetem (FFPE) Gewebe gewonnen wurde.Anschließend erfolgt die Vorbereitung der DNA-Probenfür die Sequenzierung durch die Zugabe von Primern,wobei indizierte Bibliotheken für die gleichzeitige Erfassungund Amplifikation von Hunderten von Zielregionenin mehreren Proben generiert werden.Abbildung 1: MiSeqDx-Gerät: Das FDA-konforme MiSeqDx- Gerät mit CE-IVD-Kennzeichnung bietet einen einfachenWorkflow, eine leicht zu bedienende Software-Benutzer oberfläche und modernste Benutzersicherheitsfunktionen.* Detaillierte Ergebnisberichte sind für Target-spezifische Assays,z. B. den TruSight Cystic Fibrosis 139-Variant Assay und denTruSight Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay, verfügbar.2 M-NA-00005 DEU v2.0Die vorbereiteten Bibliotheken werden mit einer gebrauchsfertigen, vorgefüllten MiSeqDx-Reagenzienkartuschesequenziert. Tauen Sie einfach die Kartusche auf, gebenSie die Bibliothek hinzu, setzen Sie die Kartusche in dasMiSeqDx-Gerät ein und starten Sie die Sequenzierungper Knopfdruck.NGS auf dem MiSeqDx-Gerät verwendet die SBS-Chemievon Illumina, in der eine massive parallele Sequenzierungvon Millionen von DNA-Fragmenten mithilfe einer eigensentwickelten Methode auf der Basis reversibler Terminatoren erfolgt. Einzelne Basen werden während der Integrationin wachsende DNA-Stränge erkannt. Base-Calls erfolgenbei jedem Zyklus direkt anhand von Signalstärkemessungen. Weitere Informationen zur SBS-Chemie finden Sieunter illumina.com.Für die In-vitro-Diagnostik. Nicht in allen Regionen und Ländern verfügbar.
MiSeqDx-GerätBibliothek vorbereitenMit genomischer DNA beginnenLauf in Local Run Manager erstellen Indizierte Bibliotheken generieren SequenzierenBibliothek in die gebrauchsfertigeMiSeqDx-Reagenzienkartusche geben In MiSeqDx laden, Lauf starten Daten analysierenErgebnisse der abgeschlossenen Läufein Local Run Manager anzeigen Ergebnisse interpretieren Abbildung 2: MiSeqDx-Assay-Prozess in drei Schritten: Das MiSeqDx-Gerät ist Teil eines integrierten Prozesses, der die Bibliotheksvorbereitung und die Datenanalyse für Assays für die molekulare Diagnostik umfasst. Detaillierte Ergebnisberichte sind nur fürTarget-spezifische Assays, z. B. das Extended RAS Panel, den TruSight Cystic Fibrosis 139-Variant Assay und den TruSight CysticFibrosis Clinical Sequencing Assay, verfügbar.Integrierte System-SoftwareDas MiSeqDx-Gerät bietet eine vollständig im Gerätintegrierte und über eine benutzerfreundliche Touchscreen Oberfläche zugängliche Gerätesoftware. Die Software„Local Run Manager“ ermöglicht es, Sequenzierungsläufeüber Prüfpfade zu planen und zu verfolgen. Sie unterstütztaußerdem die Bibliotheksverfolgung und die Festlegungvon Parametern für den Sequenzierungslauf. Die Software„Local Run Manager“ wird auf dem Gerätecomputerausgeführt, sodass Benutzer von anderen Computernaus, die mit demselben Netzwerk wie der Gerätecomputerverbunden sind, den Fortschritt der Ausführung über wachen und die Analyseergebnisse einsehen können.Nach Abschluss der Sequenzierung startet Local RunManager automatisch die Datenanalyse mit einem derverfügbaren Analysemodule. Es stehen mehrere assay spezifische Analysemodule zur Verfügung, mit denendas Alignment und das Varianten-Calling für spezifischeVarianten oder über die benutzerdefinierten Zielregionenhinweg durchgeführt werden können.BenutzerverwaltungssoftwareUm eine ordnungsgemäße Systemnutzung sicherzustellen,ist das MiSeqDx-Gerät mit einem integrierten Benutzerverwaltungssystem ausgestattet. Dies ermöglicht Laborsdie Kontrolle und Verfolgung des Systemzugriffs, wodurchsichergestellt wird, dass nur befugtes Personal Testsausführen kann.Verfügbare Assaysund ReagenzienDerzeit sind mehrere IVD-Assays und -Reagenzien(In-vitro-Diagnostik) für das MiSeqDx-Gerät erhältlich:† Der TruSight Cystic Fibrosis 139-Variant Assayerkennt 139 klinisch relevante und funktional verifizierteVarianten im CFTR-Gen (Cystic Fibrosis Trans membraneConductance Regulator) gemäß der Definition in derCFTR2-Datenbank.4 Der TruSight Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assayerkennt Mutationen innerhalb der proteincodierendenRegionen und Intron-Exon-Grenzen des CFTR-Gens. Das TruSeq Custom Amplicon Kit Dx ist eine amplikon basierte Sequenzierungslösung, mit der AnwenderAssays für die genetischen Varianten entwickeln können,die für sie am wichtigsten sind. Anwender entwickelnihre eigenen Oligonukleotid-Sonden, die für die jeweiligen Regionen von Interesse spezifisch sind, und nutzenzur Bibliotheksvorbereitung sowie zur Sequenzierunggeprüfte MiSeqDx-Reagenzien. Das Extended RAS Panel ist das erste NGS-basierteund von der FDA zugelassene In-vitro-Diagnostikum zurFeststellung der Eignung von Patienten mit kolorektalemKarzinom für eine Behandlung mit Vectibix. Die Eignungwird durch den simultanen Nachweis von 56 Mutationenin RAS-Genen bewertet, bei denen eine VectibixTherapie kontraindiziert ist. Die Gerätesoftware generierteinen einfach zu interpretierenden Bericht.‡† Detaillierte Ergebnisberichte sind für Target-spezifische Assays,z. B. den TruSight Cystic Fibrosis 139-Variant Assay und denTruSight Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay, verfügbar.‡ Das Panel ist derzeit nur in den USA erhältlich.Für die In-vitro-Diagnostik. Nicht in allen Regionen und Ländern verfügbar.M-NA-00005 DEU v2.0 3
MiSeqDx-GerätWeitere Funktionalität erhalten Sie mit den Bibliotheksvorbereitungs-Assays von Illumina, die für die Verwendung aufdem MiSeq-System bzw. MiSeqDx-Gerät bei Ausführung imForschungsmodus entwickelt wurden.BestellinformationenMiSeqDx-Gerät – SpezifikationenGerätekonfigurationRFID-Tracking für VerbrauchsmaterialienMiSeq Operating SoftwareLocal Run Manager-SoftwareGerätesteuerungscomputer (intern)Basiseinheit: Intel Core i7-7700-CPU mit 2,9 GHzArbeitsspeicher: 2 8 GB DDR3 SO-DIMMFestplatte: keineSSD: 2 1 TB SATABetriebssystem: Windows Dx Reagent Kit v320037124TruSeq Custom Amplicon Kit Dx20005718TruSight Cystic Fibrosis Library Prep(geeignet für den TruSight Cystic Fibrosis139-Variant Assay und den TruSightCystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay,96 Tests)20036925Extended RAS Panel (konfiguriert fürzwei Läufe mit bis zu 10 Proben plus zweiKontrollen pro Lauf oder 20 Proben pro Kit)20012431Leuchtdiode (LED)Weitere Informationen520 nm, 660 nmAbmessungenMiSeqDx-Gerät, illumina.com/miseqdxB T H: 68,6 cm 56,5 cm 52,3 cmGewicht: 54,5 kgBruttogewicht: 90,9 kgMolekulare Diagnostik, ellen100–240 V Wechselstrom bei 50/60 Hz, 10 A, 400 WRFID (Radio Frequency Identification)1.Frequenz: 13,56 MHzLeistung: 100 mWShokralla S, Porter TM, Gibson JF, et al. Massively parallelmultiplex DNA sequencing for specimen identificationusing an Illumina MiSeq platform. Sci Rep. 2015;5:9687.Durchsatz2. Precone V, Monaco VD, Esposito MV, et al. Cracking theCode of Human Diseases Using Next-Generation1–96 Proben/Lauf, je nach AssaySequencing: Applications, Challenges, and Perspectives.Biomed Res Int. 2015;161648.LeistungsparameterMaximale Read-Länge: bis zu 2 300 bp (Informationenzu den Assay-abhängigen Spezifikationen finden Sie inder Packungsbeilage)Ausgabe (Lauf von 2 150 bp): 5 GbReads nach Filterung: 15 MillionenQ30-Score (bei einer Read-Länge von 2 150 bp): 80 %Genauigkeit, Keimbahn:a 99,9 % OPAb mit ReferenzdatenGenauigkeit, somatisch:a 100 % OPA mit ReferenzdatenReproduzierbarkeit, Keimbahn:c 99,88 % OPA mit ReferenzdatenReproduzierbarkeit, somatisch:d 99,6 % OPA mit Referenzdaten3. Bentley DR, Balasubramanian S, Swerdlow HP, et al.Accurate Whole Human Genome Sequencing usingReversible Terminator Chemistry. Nature.2008;456(7218):53–59.4. Clinical and Functional Translation of CFTR (CTFR2).cftr2.org. Aufgerufen: 23. Februar 2021.a. Ergebnisse basierend auf einem repräsentativen TruSeq Amplicon-basiertenAssay, der darauf ausgelegt ist, unter der Nutzung von 150 Amplikonsverschiedenste Gene abzufragen, die 12.588 Basen über 23 unterschiedlicheChromosomen hinweg abdeckenb. OPA: Overall Percent Agreement (Gesamtübereinstimmung in Prozent)c. Ergebnisse basierend auf dem Cystic Fibrosis (CF-139) Assayd. Ergebnisse basierend auf einem repräsentativen TruSeq Amplicon-basiertenAssay (2 Gene)4 M-NA-00005 DEU v2.0Für die In-vitro-Diagnostik. Nicht in allen Regionen und Ländern verfügbar.
MiSeqDx-GerätErklärungen zur bestimmungs gemäßen VerwendungBestimmungsgemäße Verwendung des MiSeqDxGerätsDas MiSeqDx-Gerät ist für die zielgerichtete Sequenzierung von DNA-Bibliotheken aus humangenomischer DNAbestimmt, wenn sie für In-vitro-Diagnostik-Assays (IVD)auf dem Gerät verwendet werden. Die genomische DNAwird aus peripherem Vollblut oder aus formalinfixiertem,in Paraffin eingebettetem (FFPE) Gewebe gewonnen.Das MiSeqDx-Gerät ist nicht für die Gesamtgenomoder De-novo-Sequenzierung vorgesehen. Auf demMiSeqDx-Gerät dürfen nur registrierte und gelistete,freigegebene oder zugelassene IVD-Reagenzien undAnalysesoftware verwendet werden.Bestimmungsgemäße Verwendung des MiSeqDxReagent Kit v3Das MiSeqDx Reagent Kit v3 von Illumina ist ein Satz vonReagenzien und Verbrauchsmaterialien für die Sequenzierung von Probenbibliotheken bei Verwendung vonvalidierten Assays. Das MiSeqDx Reagent Kit v3 ist zurVerwendung mit dem MiSeqDx-Gerät und Analyse software vorgesehen.Bestimmungsgemäße Verwendung des TruSight CysticFibrosis 139-Variant AssayDer Illumina TruSight Cystic Fibrosis 139-Variant Assayist ein qualitatives In-vitro-Diagnostiksystem, das zumgleichzeitigen Erkennen von 139 klinisch relevanten CF- verursachenden Mutationen und Varianten des CFTR-Gensin genomischer, aus menschlichen peripheren Vollblutproben isolierter DNA verwendet wird. Zu den Variantengehören diejenigen, die 2004 vom American College ofMedical Genetics (ACMG)1 und 2011 vom American Collegeof Obstetricians and Gynecologists (ACOG)2 empfohlenwurden. Der Test wurde für das Träger-Screening beiErwachsenen im reproduktionsfähigen Alter, als bestätigender Diagnosetest bei Neugeborenen und Kindernsowie als erster Test zur Unterstützung der Diagnose beiPersonen mit Verdacht auf zystische Fibrose entwickelt.Die Ergebnisse dieses Tests sollten von einem zertifizierten Facharzt für klinische Molekulargenetik oder einemgleichwertig qualifizierten Kollegen interpretiert und inVerbindung mit anderen verfügbaren Labor- und klinischenInformationen verwendet werden. Dieser Test ist nichtfür Neugeborenen-Screenings, die pränatale Diagnostik,Präimplantationstests, Träger- Screenings oder unabhängigeDiagnosezwecke vorgesehen. Der Test muss auf demMiSeqDx-Gerät von Illumina durchgeführt werden.Quellen zum TruSight Cystic Fibrosis 139-Variant Assay1.Watson MS, Cutting GR, Desnick RJ, et al. Cystic fibrosispopulation carrier screening: 2004 revision of AmericanCollege of Medical Genetics mutation panel. Genet Med2004;6(5):387–391.2. American College of Obstetricians and GynecologistsCommittee on Genetics. ACOG Committee OpinionNo. 486: Update on carrier screening for cystic fibrosis.Obstet Gynecol. 2011;117(4):1028–1031.Bestimmungsgemäße Verwendung des TruSight CysticFibrosis Clinical Sequencing AssayDer Illumina TruSight Cystic Fibrosis Clinical SequencingAssay ist ein In-vitro-Diagnostiksystem für die gezielteSequenzierung, das die proteincodierenden Regionenund Intron-Exon-Grenzen des CFTR-Gens (Cystic FibrosisTransmembrane Conductance Regulator) in genomischerDNA, die aus in K2EDTA gesammelten menschlichenperipheren Vollblutproben isoliert wurde, neu sequenziert.Der Test erkennt einzelne Nukleotidvarianten und kleineIndels innerhalb der sequenzierten Region und meldetzudem zwei tiefe intronische Mutationen und zwei großeDeletionen. Der Test muss auf dem MiSeqDx-Gerät vonIllumina durchgeführt werden.Der Test dient zur Unterstützung der Diagnose vonPersonen mit Verdacht auf zystische Fibrose (CF).Dieser Assay ist am besten geeignet, wenn der Patienteine atypische oder nicht klassische Form von CFaufweist oder wenn andere Mutationspanels die beidenverursachenden Mutationen nicht nachweisen konnten.Die Ergebnisse des Tests sollten von einem zertifiziertenklinischen Molekulargenetiker oder einem gleichwertigqualifizierten Kollegen interpretiert werden und inVerbindung mit anderen verfügbaren Informationen,wie z. B. klinischen Symptomen, anderen Diagnostiktestsund der Krankheitsgeschichte der Familie, verwendetwerden. Dieser Test ist nicht für unabhängige Diagnosezwecke, die pränatale Diagnostik, Präimplantationstests,Träger-Screenings, Neugeborenen-Screenings oderBevölkerungs-Screenings vorgesehen.Bestimmungsgemäße Verwendung des TruSeq CustomAmplicon Kit DxDas Illumina TruSeq Custom Amplicon Kit Dx besteht auseinem Satz Reagenzien und Verbrauchsmaterialien, die zurVorbereitung von Probenbibliotheken aus DNA verwendetwerden, die aus peripherem Vollblut und FFPE-Gewebe(formalinfixiertes, in Paraffin eingebettetes Gewebe)gewonnen wurde.Für die In-vitro-Diagnostik. Nicht in allen Regionen und Ländern verfügbar.M-NA-00005 DEU v2.0 5
MiSeqDx-GerätVom Benutzer bereitgestellte analytspezifischeReagenzien werden für die Vorbereitung von Bibliothekenbenötigt, die auf spezifische genomische Regionen vonInteresse abzielen. Die generierten Probenbibliothekensind für die Verwendung auf Hochdurchsatz-DNA- Sequenzanalysegeräten von Illumina vorgesehen.Bestimmungsgemäße Verwendung des Extended RASPanelDas Praxis Extended RAS Panel ist ein qualitativer In-vitro- Diagnosetest, der mithilfe der zielgerichteten parallelenHochdurchsatzsequenzierung 56 spezifische Mutationen inRAS-Genen [KRAS (Exons 2, 3 und 4) und NRAS (Exons 2, 3und 4)] in DNA erkennt, die aus formalinfixierten, in Paraffineingebetteten CRC-Gewebeproben extrahiert wurde.Das Praxis Extended RAS Panel ist als Hilfsmittel zurFeststellung der Eignung von Patienten mit kolorektalemKarzinom für eine Behandlung mit Vectibix (Panitumumab)bestimmt. Die Eignung wird anhand nicht vorliegenderMutationen bewertet. Der Test muss auf dem MiSeqDxGerät von Illumina durchgeführt werden.Relevante Warnhinweise und Einschränkungen fürdas Extended RAS Panel Die Risiken des Extended RAS Panels bestehen in einempotenziellen Missmanagement von Patienten, das sichaus falschen Testergebnissen ergibt. Ein falsch positivesTestergebnis kann dazu führen, dass die VectibixBehandlung einem Patienten vorenthalten wird,der möglicherweise davon profitiert hätte. Ein falschnegatives Testergebnis kann dazu führen, dass einemPatienten Vectibix verabreicht wird, obwohl keinepositiven Behandlungsergebnisse zu erwarten sind.Dieser Patient wird dadurch dem Risiko der mit dieserTherapie verbundenen unerwünschten Nebenwirkungenausgesetzt und erhält möglicherweise nicht ein für ihnbesser geeignetes Medikament als Vectibix. Labore sollten Sicherheitsvorkehrungen treffen, daeinige Komponenten potenziell gefährliche Chemikalienenthalten. Durch Einatmen, orale Aufnahme, Haut- undAugenkontakt kann es zu Verletzungen von Personenkommen.Quellen zum Extended RAS Panel1.Vectibix. Prescribing information. Amgen; 2017. Aufgerufenam 2. März 2021.2. Extended RAS Panel. Package insert. Illumina; 2017.Aufgerufen am 2. März 2021. Nur zur bestimmungsgemäßen Verwendung3. Extended RAS Panel. FDA Summary of Safety and Zur Gewährleistung einer optimalen Testleistung istein ordnungsgemäßer Umgang mit den Proben, wie inder Gebrauchsanweisung beschrieben, erforderlich.Effectiveness Data. Illumina; 2017. Aufgerufen am2. März 2021. Der Extended RAS Panel Report ermittelt nur das Vorhandensein oder Fehlen der in der Packungsbeilageaufgeführten KRAS- und NRAS-Mutationen.2,3 Bei Proben, die die DNA-Qualifikation gemäß den in derGebrauchsanweisung beschriebenen Anforderungen bestehen, liegt die geschätzte Ungültigkeitsrate des Assaysnach den Ergebnissen der retrospektiven klinischen bzw.Genauigkeitsstudie zwischen 6,9 % und 14,5 %. 1.800.809.4566 (USA, gebührenfrei) 1.858.202.4566 (Tel. außerhalb der USA)techsupport@illumina.com www.illumina.com 2021 Illumina, Inc. Alle Rechte vorbehalten. Alle Marken sind Eigentum von Illumina,Inc. bzw. der jeweiligen Eigentümer. Spezifische Informationen zu Marken finden Sieunter www.illumina.com/company/legal.html.M-NA-00005 DEU v2.06 M-NA-00005 DEU v2.0Für die In-vitro-Diagnostik. Nicht in allen Regionen und Ländern verfügbar.
TruSeq Custom Amplicon Kit Dx 20005718 TruSight Cystic Fibrosis Library Prep (geeignet für den TruSight Cystic Fibrosis 139-Variant Assay und den TruSight Cystic Fibrosis Clinical Sequencing Assay, 96 Tests) 20036925 Extended rAS Panel (konfiguriert für zwei Läufe mit bis zu 10 Proben plus zwei Kontrollen pro Lauf oder 20 Proben pro Kit) 20012431 Weitere Informationen MiSeqDx-Gerät .
